Kafka Tamura se va de casa el día en que cumple quince años. Los motivos, si es que los hay, son las malas relaciones con su padre -un famoso escultor convencido de que su hijo repetirá el aciago sino del Edipo de la tragedia clásica- y la sensación de vacío producida por la ausencia de su madre y su hermana, que se marcharon también cuando él era muy pequeño. Sus pasos le llevarán al sur del país, a Takamatsu, donde encontrará refugio en una peculiar biblioteca y conocerá a la misteriosa señora Saeki. Si sobre la vida de Kafka se cierne la tragedia (en el sentido clásico), sobre la de Satoru Nakata ya se ha abatido: de niño, durante la segunda guerra mundial, sufrió un extraño accidente del que salió con secuelas, sumido en una especie de olvido de sí, con dificultades para comunicarse... salvo con los gatos. A los sesenta años abandona Tokio y emprende un viaje que le conducirá también a la biblioteca de Takamatsu. Así, las vidas y destinos de los personajes se van entretejiendo en un curso inexorable que no atiende a razones ni voluntades. Pero, a veces, hasta los oráculos se equivocan.
Kafka en la orilla traza dos historias paralelas: Por un lado, cuenta la vida de un joven de 15 años, Kafka Tamura, que decide fugarse de casa porque odia a su padre, y de alguna manera espera encontrar en la huida a su madre, que lo abandonó a los 4 años. El otro protagonista del libro es Tanaka, un hombre de avanzada edad, quien de niño sufrió un accidente y perdió casi toda su capacidad intelectual y que se ve metido en una extraña búsqueda acompañado por Hoshino, un joven camionero.